دانشگاه خاتم ، در بدو تاسیس تحت عنوان «موسسه آموزش عالی غیردولتی خاتم» با پذيرش دانشجو در مقطع كارشناسی‌ارشد رشته زيست‌شناسی (گرايش علوم سلولی و مولكولی) فعالیت خود را آغاز و به تدریج با گذر زمان بر رشته گرایش‌های دانشگاه افزوده شد. پس از گذر چند ساله و با ایجاد تغییرات کلان مدیریتی در ساختار موسسه، فصل جدیدی از توسعه و گسترش دامنه فعالیت‌های مؤسسه از جمله افزایش رشته‌های تحصیلی، توسعه برنامه‌های آموزشی، تأمین و جذب هیأت ‌علمی توانمند تمام‌وقت، گسترش امکانات فیزیکی و ... رقم خورد. همراستا با این تغییرات بر اساس اجرا طرح سطح‌‌ بندی مؤسسات غیردولتی آموزش عالی در سال 1394 توسط وزارت عتف، این موسسه موفق به کسب جایگاه در رده بندی رتبه های برتر در بین ۲۶۹ موسسه غیرانتفاعی کشور شد و سرانجام، موسسه خاتم مجوز قطعی عنوان «دانشگاه» را از وزارت عتف دریافت نمود. با کسب مجوز دانشگاه، دانشكده‌های تخصصی ؛ "فنی و مهندسی "  "مديريت، اقتصاد و علوم مالی"، "دانشکده علوم انسانی" و "دانشکده معماری" در خاتم تأسیس و با اخذ مجوز پذیرش دانشجو در مقطع تحصیلات تکمیلی رشته  فلسفه، نخستین دانشجویان دوره دکتری تخصصی دانشگاه نیز مشغول به تحصیل شدند.

دانشگاه خاتم در حال حاضر در 58 رشته علمی در مقاطع تحصیلی کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری تخصصی پذیرش دانشجو از طریق کنکور سراسری دارد و با بهره مندی از توان علمی - تخصصی اعضا هیات علمی تمام وقت و اساتید مدعو پاره وقت در حال آموزش آخرین دست‌آوردهای دانش به جویندگان راه اندیشه، علم و پژوهش است.

 دانشگاه خاتم در دوره جدید فعالیت خود، با بهره‌مندی از امكانات و تجهیزات آموزشی پیشرفته، حفظ و ارتقای مستمر استانداردهای آموزشی به‌ویژه در ایجاد و هماهنگی گروه‌های مجرب استادان و رعایت مقررات و ضوابط مربوطه، موفق شده است تاكنون قريب به 3000 دانش‌‏آموخته با كیفیت بسیار خوب در مقاطع مختلف تحصیلی مختلف داشته باشد. قبولی دانش ‏آموختگان اين دانشگاه در مقاطع بالاتر تحصیلی، جذب آنان در مؤسسات علمی و پژوهشی و دستگاه‌های اجرایی كشور، توسعه کسب و کارهای جدید، مشارکت در ایجاد شرکت‏های دانش‌بنیان و هم‏چنین تألیف و ترجمه کتاب‌های جدید، انتشار مقاله‏‌های متعدد در مجلات معتبر داخلی و بین‌المللی و اجرای سمینار در موضوع‏‌های مختلف علمی و پژوهشی، شاخص‌های قابل‏ اتکایی از بالا بودن استانداردهای علمی دانشگاه خاتم است.