ارزش‌های محوری دانشگاه خاتم
کرامت انسانی: صیانت از کرامت و شأن سرمایه‌های انسانی، حفظ ارزش‌های اسلامی، رعایت اصل تقوا، التزام به صداقت، امانت‌داری و درست‌کاری، رعایت عدالت و انصاف در جهت تعالی سازمان؛
رعایت اخلاق حرفه‌ای: رعایت و اشاعه اخلاق و رفتار حرفه‌ای، قانون مداری و احترام به حقوق دیگران، تقویت وجدان کاری، رعایت نظم و دقت، آراستگی، وقت‌شناسی، تقویت سلامت اداری، پیشتازی ترویج عدالت آموزشی، توسعه مسئولیت‌پذیری سازمانی و اجتماعی؛
ارتقای فرهنگ سازمانی: توسعه و ترویج تفکر آینده‌نگری و دوراندیشی، ارتقای روحیه ارزش‌آفرینی، چابکی در یادگیری، دوری از انحصار و تبعیض، ایجاد اتحاد و یکپارچگی، پاسخگویی در قبال مسئولیت‌های محوله، اشاعه فرهنگ قوی و قدرتمند سازمانی، افتخار به عضویت در خانواده دانشگاه خاتم؛
جلب رضایت کلیه ذی‌نفعان: تلاش در جهت تامین رضایت کلیه ذی‌نفعان (دانشجویان، اساتید و همکاران)، تاکید بر حفظ ارزش‌های معنوی، فرهنگی و اجتماعی، ایجاد منافع برای تمامی ذی‌نفعان، ایجاد دانشگاهی با نشاط و سرزنده؛
ارتقا کیفیت خدمات علمی و رفاهی (دانشجویان، اساتید و همکاران): برنامه‌ریزی جهت ارتقا و بهبود مستمر نظان‌های عملیاتی، بکارگیری بهینه امکانات نرم‌افزاری و سخت‌افزاری جهت ارائه خدمات مطلوب‌تر، کمک به دانشجویان برای کشف و بکارگیری توانمندی‌های خود، ایجاد و تنوع در خدمات رفاهی متناسب با نیاز دانشجویان، اساتید و همکاران، اختصاص منابع مالی و فیزیکی مناسب برای برنامه‌های رفاهی، پیگیری و کوشش مستمر جهت ارتقای کیفیت خدمات؛
مشارکت همکاران: توسعه مشارکت و همدلی در کارکنان، داشتن روحیه قدرشناسی و تقویت روحیه انتقادپذیری، ایجاد محیط کاری جذاب، ارتقا نظام انگیزش، تلاش جهت بهزیستی کارکنان، ایجاد هم‌افزائی و اشتراک دانش، ارزش نهادن به خلاقیت و نوآوری؛
مسئولیت اجتماعی: پای‌بندی به ارزش‌های جامعه، حفاظت و صیانت از محیط زیست پایدار، ایجاد محیطی متناسب با معیارهای زیست محیطی، تاکید بر ارتقای سلامت، اهتمام به انجام مسئولیت‌های اقتصادی، پای‌بندی به مسئولیت‌های قانونی، انجام اقدامات بشر دوستانه و خیرخواهانه، مدیریت بهینه منابع طبیعی و انرژی (دانشگاه سبز)، رعایت حقوق شهروندی؛
تعهد به رشد و تعالی سازمانی: التزام به فرهنگ شایسته‌گزینی و شایسته سالاری، تاکید بر یادگیری و بهبود مستمر، تعهد در برنامه‌ریزی جهت توسعه فردی و سازمانی، توسعه ظرفیت تحقیق و نوآوری، تبدیل فارغ‌التحصیلان به رهبران آینده، ایجاد فرهنگ عشق‌ورزی و وفاداری به رشد و تعالی جایگاه علمی دانشگاه؛
ارزش‌های آموزشی و پژوهشی: التزام به ارزش‌های علمی و دانش‌محور، تاکید بر دانشگاهی امن، برانگیزاننده و شوق آفرین، تربیت و پرورش دانش‌آموختگانی برتر، ممتاز و کارآفرین، حمایت از دست‌آوردهای علمی و پژوهشی، فراهم کردن فضای خلاقیت و نوآوری برای سرمایه‌های انسانی دانشگاه.