دانشگاه خاتم در راستای سیاست‌ها و راهبردهای کلان آموزش عالی کشور که توسعه‌ی علوم بین‌رشته‌ای و کاربردی کردن سرفصل برنامه‌های درسی را مورد اهمیت برشمرده است و نیز در جهت سرعت بخشیدن به پیشرفت کشور با هدف ایجاد بستر آموزشی مناسب در راستای توانمندسازی و آماده‌سازی دانش‌ آموختگان برای حضور مؤثر در تمامی عرصه‌های علمی، حرکت نوینی را در حوزه آموزش عالی کشور آغاز نموده است. لذا اولین دوره کارشناسی ارشد این دانشگاه با رویکرد جدید در رشته اقتصاد نظری با حضور استادان برجسته فارغ‌ التحصیل از برترین دانشگاه‌های جهان نظیر برکلی، استنفورد، استکهلم و پنسیلوانیا در سال 1396 راه‌اندازی شد که ظرف کمتر از 2 سال توانست به یکی از بهترین دوره‌های کارشناسی ارشد کشور تبدیل شود. 

از دیگر اقدامات نوین دانشگاه می‌توان به راه‌اندازی رشته جدید «مهندسی کامپیوتر با گرایش علوم داده»، برای اولین بار در کشور، در سال 1399 اشاره کرد. 

دکتر طاهر پیله‌ور، یکی از اساتید گروه علوم داده، با همکاری یکی از اساتید دانشگاه ادینبرا کتاب «Embeddings in Natural Language Processing» را در انتشارات « Morgan & Claypool» در سال 2021 به چاپ رسانیده‌اند. این کتاب که یکی از برترین کتاب های حوزه پردازش زبان طبیعی می‌باشد، مورد تحسین بسیاری از اساتید این حوزه قرار گرفته است.